La clé racine est la langue, et elle doit changer à la sortie
Rails enveloppe tout un fichier de langue dans une clé de premier niveau : en: dans le fichier anglais, fr: dans le français. Copiez le fichier anglais, traduisez chaque valeur, oubliez la racine, et Rails charge vos textes français comme une deuxième copie de l'anglais.
Linguiqo lit la clé racine comme la langue et non comme une partie de chaque clé, si bien que cart.empty dans en.yml et cart.empty dans fr.yml sont reconnus comme le même texte. À l'export, la racine est écrite comme la langue exportée, avec l'orthographe de votre fichier : pt-BR reste pt-BR.
Un fichier dont l'unique clé de premier niveau n'est pas une langue, comme app: dans un catalogue Symfony, garde cette clé exactement telle qu'elle était.