La clave raíz es el idioma, y tiene que cambiar a la salida
Rails envuelve todo un archivo de idioma en una clave de nivel superior: en: en el archivo inglés, es: en el español. Copia el archivo inglés, traduce cada valor, olvida la raíz, y Rails cargará tus textos en español como una segunda copia del inglés.
Linguiqo lee la clave raíz como el idioma y no como parte de cada clave, así que cart.empty en en.yml y cart.empty en es.yml se reconocen como el mismo texto. Al exportar, la raíz se escribe como el idioma exportado, con la grafía que usa tu archivo: pt-BR sigue siendo pt-BR.
Un archivo cuya única clave de nivel superior no es un idioma, como app: en un catálogo de Symfony, conserva esa clave tal como estaba.